Ο επιχειρησιακός σχεδιασμός στο Γ΄Πε.Σ.Υ.Π. είναι το μέσον προς την επίτευξη του σχεδιασμού δράσεων υψηλής προτεραιότητας στην Κεντρική Υπηρεσία και στις αποκεντρωμένες μονάδες. Μεθοδολογικά, αυτή η διαδικασία υλοποιείται μέσα από διαδοχικές προσεγγίσεις περιλαμβάνοντας τον διάλογο και την ανταλλαγή στοιχείων και απόψεων μεταξύ της Κ.Υ. και αποκεντρωμένων μονάδων. Οι στρατηγικοί στόχοι της Κ.Υ. θα προκύψουν από τη σύνθεση και αξιοποίηση των απόψεων και προτάσεων των νοσοκομείων. Στο πλαίσιο αυτής της δυναμικής διαδικασίας οργανώνονται ειδικές συσκέψεις με τους Διοικητές, ή τους κατά μονάδα υπεύθυνους για τα επιχειρησιακά σχέδια, στη διάρκεια των οποίων δίνεται ιδιαίτερη έμφαση στα εξής σημεία:

Ορθή καταγραφή των στοιχείων του εξωτερικού και του εσωτερικού περιβάλλοντος η οποία έχει συμφωνηθεί ότι αποτελεί στόχο υψηλής προτεραιότητας.
Συντονισμένη εμπλοκή του μεγαλύτερου δυνατού αριθμού στελεχών από διαφορετικές ειδικότητες η οποία θα αποτελέσει το βασικό κριτήριο επιτυχίας ενός επιχειρησιακού σχεδίου, δεδομένου ότι έτσι προετοιμάζεται η κατοπινή αποδοχή και εφαρμογή του.
Εκπαίδευση των εμπλεκομένων.
Διασφάλιση προϋποθέσεων που πρέπει να ισχύσουν στην περίπτωση που η εκπόνηση του επιχειρησιακού σχεδίου ανατεθεί σε εξωτερικό συνεργάτη.